Πολλά από τα σκοτεινά μυστικά του Αλκατράζ έχουν αποκαλυφθεί με το πέρασμα του χρόνου, όμως ο «Βράχος» εξακολουθεί να εκπλήσσει τους μελετητές του.
Ερευνητές του Πανεπιστημίου του Τέξας, χρησιμοποιώντας ειδικό ραντάρ χαρτογράφησης του υπεδάφους, ανακάλυψαν ένα άγνωστο μέχρι σήμερα δίκτυο τούνελ κάτω από τη νησίδα στον κόλπο του Σαν Φρανσίσκο.
Όμως γιατί υπήρχαν αυτά τα τούνελ; Οι ειδικοί σπεύδουν να αποθαρρύνουν ευφάνταστα χολιγουντιανά σενάρια αποδράσεων και προτείνουν μία πιο απλή ερμηνεία.
Ήδη από το δεύτερο ήμισυ του 19ου αιώνα, και πριν γίνει η περίφημη ομοσπονδιακή φυλακή υψίστης ασφαλείας που όλοι γνωρίζουν (1934), το Αλκατράζ βρίσκονταν στα χέρια του στρατού.
Η νησίδα χρησιμοποιήθηκε αρχικά ως οχυρό και αργότερα ως στρατιωτική φυλακή, ιδιαίτερα κατά την περίοδο του αμερικανικού Εμφυλίου Πολέμου.
Οι ειδικοί θεωρούν ότι τα τούνελ είναι του 19ου αιώνα και δημιουργήθηκαν από το στρατό. Πιστεύουν μάλιστα ότι κάποιες από τις απεικονίσεις στο ραντάρ είναι αποθήκες πυρομαχικών.